バキまだですか

ＤＮＡ実験
15年前までのサンプルなら、試薬と条件を変えたら29/96で予想以上に読めてた。でも、まだ厳しいかもしれない。30年前のはどれくらい読めるようになるのだろうか。それと、エタ沈精製の代わりに磁石を使ってＤＮＡを集めるという全く原理のわからない作業もやった。でも、結果はより悪くなった。強力磁石のせいで携帯電話が壊れそうになった。


胃内容論文をちょっと直して投稿した。良いレフリーに当たりますように。


ＧＣＯＥ本の査読と交換条件で引き受けた査読が回ってきた。ざっと読んで、コメントして一晩で返した。某所の学部生の卒論の学術雑誌投稿バージョン。意外と面白かったです。


数理セミナーで今後一ヶ月の予定を決めることになり、数理メンバーから好きな日にちを選んでいって、でも自分は厳密には数理のメンバーではないから傍観していたら、「じゃあＮ君は空いている来週で」みたいな感じでスケジュールが決まった。はめられた。で、原稿や引用論文のＰＤＦをコピペして紙芝居みたいな簡単なスライドを作った。ＨＢＰ論文の話です。


ＥＳＪのスライドを修正して登録しようとしたらまだだった。


某宴の議事進行をどうしようか考え中。


なんか、センターの構成員からのリンクが一つ増えていますが。プライベートページにジャンプしたらちょっと笑ってしましました。ごめんなさい。


気晴らしの久しぶりのジョグ
いつだったか忘れた５㌔

ホルマリン効果、恐るべし

ＤＮＡ実験
全然読めてなくて泣きそう。生サンプルは読めてるので、テクニックに問題があるわけではなく、７月の実験の見込みが立って、それだけは安心。同位体のときもそうだけど、標本資料の保存方法を考え直す時期に来ていると思う。


ＧＣＯＥ本
改訂して提出した。あとは出版社から校閲の指示待ち。


胃内容論文
リジェクト来ました（涙）。コメントを見るに、長期的な実証データは評価されたけど、コンセプトの新規性を指摘された。予想通りだけ。他にもいくつか指摘された問題は有ったけど、それらはどれも対応可能だったり、査読者の統計力にも問題があったりで。とりあえず、次の投稿へ向けての改訂は最小限で済みそう。運が悪かった、と共著者で同意。でも、表現の技術がまだまだ足りてないのだと思う。


７月のＡＳＬＯにポスター申し込んだ。ＰＰＭＲの話で。その１週間前に帰国して、センターでＤＮＡ実験をする予定。車を持っている人に極楽湯や水春や古琵琶湖に連れて行ってもらう予定。


某宴の会場を探した。人数と場所と開始時間と慶事の二次会という条件を考えるとお店が限られてしまう。会計の便宜上、定額の飲み放題したいけど、あまり美味しくないお酒や食事を大量に、というわけにはいかず。でも、遠方から来る人も多いし、一次会もちょっと高めだし、あまり会費を高くするわけにもいかず。お店の人と交渉して、７０００円でおばんざいと肴の盛り合わせ、飲み放題は獺際や徳次郎、裏メニューまで入れてもらいました。ちょっと高いと思う人がいるかもしれないけど、これくらいで良いでしょうか。後は当日参加の対応と会場案内、議事進行をどうしようか考えなくては。そろそろ誰かにお手伝いをお願いしよう。


引越しの日程を決ねた。３月２４日は大安の週末で、その日に引越しをしたい人が多いらしく料金が高い。ので、２３日（金）の午前に搬出することに。２３日の午後は生態研セミナースペシャルがあると思うので、それに出る。２４日は掃除して、残り物を東京に実家に送って、２５日に退去。２６−２７日は琵琶湖で調査。２８日に東名を走って、２９−３０日で引越し荷物の搬入と転出手続きなど。車は実家に保管してもらう方向で検討中。３１日は休んで、４月１日に渡台予定。桜はぎり見られそう。


台湾での第二ＰＣとしてノートを注文した。今の手持ちより高性能でもけっこう安い。キングソフトというマイクロソフト類似のオフィスが２０００円程度であって、互換性も良いらしく魅力的。使い勝手は多少の不安がありますが、第二PCとしては評判は良いらしい。大学で使う第一ＰＣは、今家にある第二ＰＣを持っていく。ノートだけど、センターにある第一ＰＣより高性能だし問題なし。モニターは向こうで買って、日本語キーボードはこちらから持っていく。


科研費が底をついた。


オランダのＨＳ氏から博物館標本の活用術、の原稿が送られてきた。イサザのＤＮＡ実験がうまくいってないから。原稿にはホルマリン標本のＤＮＡ実験が難しいことが書いてある（知っていましたさ）。これは励ましか、そんなことも知らないのかと上から目線で教えてくれたのか、それともスイスで寂しかったからか。

ＨＳ氏とは学部４回生のときにＫＴ研で同期でしたが、以降の交流は実はあまりなく、一方的に彼の人気ぶりにいつも嫉妬しておりました。自分が卒論でイサザのホルマリン標本をやることになったのは、偉大なるＫＴさんの提示をカタツムリラブのＨＳ氏が断固拒否したためで、そのテーマが劣等生である自分に回ってきたわけで、もちろん自分にはそれを拒否するなんて選択肢はありませんでした（多少盛っています）。修士ではＨＳ氏はフィールドへ行き、対照的に自分は数理モデルを始めました。理学部動物生態の同回生は二人もＫＴ研に入ってきたのに、ＫＴ研の二人は外に出て行った、という今思えば勇気ある行動の共通点に勝手に親近感を感じていました。それと、ＨＳ氏は昨年進化学会の奨励賞を受賞し、自分は数理生物学会の奨励賞を貰ったという境遇も似ているかもしれません（来年はともに海外学振だし）。でも、ＨＳ氏のほうが研究は面白くて信念もあっていつもリードされております。自分が数理モデルを始めたのはモデルが好きだからなのですが、もう少し正確に言うと、生態学の現象をモデルで解釈できたときの爽快感が好きなのだと思います。ですが、そのような経験はまだ殆どなく、モデル予測を簡単に出しても実証データは無いというのがよくある状況です。それで、標本資料で時系列データを見ることができれば、モデルでダイナミクスを予測することと相性が良さそうということに気がついて、生物標本に興味を持ち始めたのですが、ＨＳ氏もまたフィールド側から生物標本に関心を持ったようです。それがあの有名な左利きのヘビです。またもや奇妙な共通点を見出してしてしまいましたが、やはりＨＳ氏はいつも先を行っていて、４回生の頃の劣等生気分を感じております。だから、ＨＳ氏は変態紳士と暴露して平静を保ちたいと思います。周知の事実ですが。


先日のＮＯＥ君公聴会で本学に行ったとき、２号館前でＫＴさんに遭遇した。来年度の報告をして、イサザの実験の話をした。そしたら、琵琶湖は放射能大丈夫？と凄い勢いで聞いてきた。東日本よりは大丈夫だと思うけど、実情は知らない。ＫＴさんは数理モデルとか難しい実験は好きではなく、フィールド観察を善しとする人で、でもそんなＫＴさんに数理モデルで認めてもらいたいと思っている。それで、なんか出来ないかなと考えている時、以前に保全群集生態学というものを思いついてしまった。保全生態は全然フォローしていないけど、特定の種の保全を考える個体群生態学と生物多様性というものを考えるマクロ生態学が主流のような印象があるから、多種系での生態学プロセスをちゃんと考えた群集生態学をもっと活用できるではないかと思った次第です。そんな数理モデルなら何かできそう。多分、もうやられているだろうけど。

バキ入荷しました

ＤＮＡ実験
まだ予備実験らしい。今まで本実験のつもりだったのだけれど、思ったほどＰＣＲで増えてくれず、何とかという新しい酵素で再度ＰＣＲを試している。作業も少しずつ慣れてきている気がする。でもすぐ忘れてしまいそう。夏に再開できるように、実験ノートとは別に自分用のマニュアルを作っておこうか。シーケンスデータを読めるフリーソフトを入れた。ＡＴＧＣが見れたり見れなかったり。でも、これがどんなデータになるのかまだ良くわからない。


いよいよ渡航準備を考えなくてはいけなくなった。航空運賃は片道だけカバーしてくれるそうなので、入国審査で長期滞在（就労）査証が必要。査証を得るためには、大阪の領事館へ申請に行く必要があり。申請には台湾政府の労働許可が必要で。その申請のためには、台湾大学からの招聘証明書が必要で。それを発行してもらうためには、ＣＶとか論文ＰＤＦとか現在の就労証明とか学位授与証明書とか必要。で、現在の就労証明を発行してもらうために、ガクシンに申請書を送った。学位授与証明書を発行してもらうには、京都大学に申請書を出さなければいけないが、博士授与証明は以前の渡航のときのもので代用できるっぽい。なかなか先は長い。


それと引越しのことも考えなくてはいけない。３月末は引越しシーズンなので早めに見積もりをお願いした。見積もりは、引越専門の会社よりも運送関係の会社の方が値段が安い感じ。半額近い。別に傷ついて困るものもないし、それでいいかも。荷造りも早めにしてしまいたい。夏物衣類と向こうで読む予定の本はもう箱詰めできるし。


明日はＮＯＥ君の公聴会に行く予定。公聴会は基本的に見に行くようにしている。だって、身近な人の５年間の集大成だから。これからＤに進学する人にこそ見に行ってもらいたいと思う。


ＧＣＯＥ本の改訂は少しずつしているけど、集中できる時間をまとまって作れない。つぎはぎだらけの長文は読み直すと、ちょっと酷い。ＡＳＬＯにＰＰＭＲで申し込もうか。某宴は40人くらいの規模になりそう。気が付いたら1月終わりだ。憂鬱。

今週オレ頑張った

ＤＮＡ実験
シーケンス用ホルマリンサンプルの半分と冷凍サンプルは、ＰＣＲして、色んな試薬を入れて、精製して、泳動プレートに移して、来週ＡＲＫ姐さんに本学でセットしてもらう。この辺の作業は大体一人でできるようになったような気がする。使っていた試薬や備品が新品に変わっていたり他の場所に移してあると、本当に自分が使ってよいかわからず、何度も確認にいったり、そういう手間を取らせてしまう。マイクロサテライトはまださっぱり。言われて動いている感じ。


来年度の実験に関して、ＫＤさんと相談しつつ、Ｏボス受け入れで共同研究の申請書を書いた。ＫＤさんとイサザの話をしたとき「もっと面白いこと教えて」って言われて、試された。色々と伝えたお陰で、面白い魚と理解してもらったようです。でも、本当はフェノロジーと群集の話をしたかった。。そういうわけで、７月のＡＳＬＯ前に１週間のセンターで実験する予定。実験が終わらない場合も考えて、ＡＳＬＯはポスター発表にして張り逃げにしてしまおうか。でも、口頭発表にしたいし。予算も問題だ。あと、先行研究もレビューしないと。


ＨＴＰ論文
投稿しました。生態学会までに良い知らせが来れば嬉しいです。校閲はイギリス英語で頼んだのですが、アメリカとは違う独特の言い回しに直されて何か気持ち悪い感じ。


その他の雑務も多かった。学振の書類を送って、センターのニュースレター原稿を書いて送って、ＰＰＭＲ論文ＩＩの打ち合わせをして、実験消耗品を注文したり、某宴の案内メールを送ったり、引越しのことを考え始めたり。忙しくて水域セミナーに出られなかった。


退去日は契約書に書いてある通り（知らんかった）、３月２５日になりました。でも３月末に琵琶湖での予備調査があるらしく、「もう引っ越して滋賀にいない」と言ったのに、「プロジェクトリーダーでしょ」と責められ２６〜２７日はＳＫＩ君に拉致られます。キャンプファイヤーしましょう。


マイ解剖道具を手に入れた。これで来年の実験のモチベーションが上がったかも。


ESJのプログラム出た。早い。

実験していると笑われる

「最近実験してますねー」とニヤニヤして言われる。数理の被害妄想だろうか。白衣は同位体をやった時に買って持っているけど、着ると絶対に笑われるので着たくない。別に必要ないっぽいし。夏に短パンで白衣を着て「変態みたい」と言われて白衣が嫌いになったせいもある。真面目に実験してます。


ＤＮＡ実験
ちょっとした不手際はいろいろありましたが、抽出完了。いよいよ蛍光プライマーの出番。高価な試薬は使うのが恐ろしいです。で、ＡＲＫ姐さんがいない週末も少しずつ親離れして、自分で実験を進めています。ＰＣＲもできるようになってきましたが、遠心器も意外と奥深い機械であったりもします。失敗は許されないという強迫観念で精神的な疲れにちょっと参っています。物理的にも忙しいだけに、疲労困憊。この研究に関連して、来年度はもう一つ別のＤＮＡネタも構想中。で、とある研究費の公募に申請しようかと思い、申請書原案を書いて共同研究者に送る。ネックは来年の帰国制限。


ＨＢＰ論文
また改名しました。いい感じで仕上がってきました。コメントをお願いしつつ、英文校閲に出す。来週には投稿する。


ＧＣＯＥ本
好評価でコメントが返って来た。細かいリバイスはもう直して、あとは、他の章との関連性を明確にするために一段落は追加しないといけないかもしれない。これは２月にしよう。


忙しいけれど今週は５つのセミナーに出た（多い！）。


Evo-Eco-Epidemiology（or Eco-Evo-Epidemiology）という研究分野を思いついてしまった。何をやるかは秘密。でも、Eco-EpidemiologyもEvo-Epidemiologyも既にあるので、何をやるのかは大体想像がつくかも。とりあえず名前が気に入っている。まだグーグル検索には引っかからないので、多分自分の造語だ。モデルも幾つか思いつく。学生が欲しい。


学振から正式に書類一式が届いた。冊子が黒表紙でちょっと格好良い。色々と手続きが面倒くさい。それに、どうしてこんなに読みづらいのだろう。


車のタイヤがパンクして、消耗していたので、ついでに４輪とも交換した。予想外の出費。

謹賀新年

ちょっと遅くなりました。
笑ってはいけないは面白かったですが（今崎ホセとか）、ストーリー性はもう無いみたいですね。


ＤＮＡ実験
予備実験の結果がよろしくない。抽出はできてそうだけど、断片化が激しいようで増幅してくれる確率が低い。貴重な標本から背骨を切出すかどうか話し合った結果、それはしない方向になり。結局、連続時系列データを得るのは諦めて、ポイントになる年代に絞って、そこでサンプル数を増やしてやることに。そんな感じでちょっと不安ですが、本実験を開始しました。早速、サンプルを切出して粉砕をしてプロＫインキュベート３日間。


ＨＴＰＤ論文
共著者の人たちから返信。モヤモヤしていた部分が、もらったコメントのお陰ですっきりした。原稿もすっきり改訂できた気がする。


新年めでたく、ＭＭＨ論文がオンラインになりました。フェノロジーのことを書いていますが、一番主張したいことは、気候変動と生物多様性の研究を群集生態学でもやりませんか？ということ。


以下は、最近書いた学会誌へのニュースレターからの抜粋。
「気候変動がこのまま進行したら生態系はどうなってしまうのか、今や社会全体の大きな関心事である。研究者に限らず多くの人が沢山の種が絶滅すると危惧している。例えば、地球温暖化で高地や高緯度地方の生物は減少するだろうと。実際、最近のIPCCの報告によれば、産業革命前に比べて地球の平均気温が4度上がると40-70％の種が絶滅すると予測されている。果たして、このような予測はどれくらい尤もらしいのだろうか。群集生態学の視点から言えば、ある種が減少すれば、その餌や競争者は潜在的な利益を得る。だから、気候変動の影響はある種にはマイナスでも、他の種にはプラスになる可能性がある。しかし、現在行われている生物多様性への影響予測において、実は種間関係や影響の種間差は殆ど反映されていない。なぜならそのような情報は殆どわかっていないからだ。生物多様性の将来予測は、生態学ではなく、相互作用やメタ群集、適応といった生態学の基本概念を持たない気候学や地球惑星科学の研究ニッチになっている。...」


実証研究でちゃんとやるとすごい大変だと思うけど、インパクトは大きい


「最近自然界がおかしくなっている、温暖化の影響か？」というよく聞くニュースに違和感を感じる人はいませんか。発表者の多くは実は生態学者ではないのですよ（個人的偏見を含む）。


年度末までにやること
・ＤＮＡ実験でできるだけデータを得る。執筆は来年度。
・ＨＴＰＤ論文の投稿。学会までに要リバイスで返ってくれば嬉しい。
・胃内容論文。そろそろ返事が来る頃。要リバイスなら嬉しい。
・学会準備はもう終わったことにする。スライドを少し直すだけ。
・繁殖干渉論文、地理的モザイク論文、ＰＰＭＲ論文ＩＩ。片付けましょう！
・引越しと渡航の準備。これがめんどい。車は実家で保管できることになりそう。
・某宴の準備
・近郊の温泉巡り


来年度はやること
・イサザＤＮＡ論文の執筆
・イサザＰＰＭＲ論文の執筆
・ＡＴＥ論文のモデル作り。これをやらないと。
・就活


ジョグ
走り始めで木曜１２㌔

よいお年を

今日の実験もうまくいかず、すっきりしない気分で仕事納め。
明日から帰省します。
とりあえず、笑ってはいけないは見てこよう。


仕事は、今年は例年よりもやった感がある。
まだ形にはなっていないけど、来年以降に芽が出そうな仕事もやった。
生態研にいると優秀で研究に積極的な人に出会える機会が多いし、そういう人との共同研究もとても楽しい。
それをあらためて感じた一年だった。
でも、セミナーに多く出過ぎて仕事の時間が少なくなるというジレンマも。


去年は３０日まで働いていたらしい。
海外学振をドイツしようか台湾にしようか悩んでいたっぽいですが、結局は小籠包を堪能することにしてしまいました。でも、まだ先は見えてこないです。


ジョグは年間５６７㌔
思っていたよりも多いけど、もうちょっと頑張りたい。


それではまた来年
A happy new year
新年快楽


仕事始めは４日の予定。



今年の締めは、テキサスでタトゥーシールを買うＩＳＫＷ君で。